В редких случаях на фоне приема препаратов спортивного питания могут возникнуть нежелательные эффекты. К ним относятся проблемы желудочно-кишечного тракта, такие как метеоризм (повышенное газообразование) и диарея (жидкий стул).

Чаще всего развитие неблагоприятных действий обусловлено или слишком высокой дозировкой, принимаемых протеина и креатина, или имеющимися заболеваниями желудочно-кишечного тракта (хронический панкреатит, дисбактериоз кишечника). Обычно проблему удается решить снижением количества, принимаемых пищевых добавок или лечением сопутствующей соматической патологии (ферментами, лекарствами, восстанавливающими нормальную микрофлору кишечника).